Deelnemers krijgen op basis van hun verbruik voor elk milieuthema punten toegekend. De puntenverdeling kan anders zijn voor landen buiten Noord-West Europa als gevolg van toevoeging van het thema "water". U kunt deze gegevens vinden in het certificatieschema.

De puntenverdeling voor kasteelten per milieuthema is: 
 

• gewasbescherming, maximaal 40 punten te behalen;
• energie, maximaal 30 punten te behalen;
• meststoffen, maximaal 20 punten te behalen;
• afval, maximaal 10 punten te behalen.

De puntenverdeling voor buitenteelten per milieuthema is:
 

• gewasbescherming, maximaal 50 punten te behalen;
• energie, maximaal 10 punten te behalen;
• meststoffen, maximaal 30 punten te behalen;
• afval, maximaal 10 punten te behalen.

De behaalde punten per milieuthema worden opgeteld en resulteren in een kwalificatie:
 

• Kwalificatie A wanneer de deelnemer tussen 70 en 100 punten scoort;
• Kwalificatie B wanneer de deelnemer tussen 55 en 69,9 punten scoort;
• Kwalificatie C wanneer de deelnemer tussen 10 en 54,9 punten scoort;
• Kwalificatie Deelnemer wanneer de deelnemer tussen 0 en 9,9 punten scoort.

Verder geldt dat de kwalificaties A, B en C alleen worden toegekend als de deelnemer 13 aaneengesloten periodes (= vier kwartalen) heeft geregistreerd en het bijbehorende puntentotaal heeft gescoord. Bovendien dient de deelnemer een initiële bedrijfscontrole te hebben gehad, waarbij de controleur de geregistreerde hoeveelheden controleert op basis van de boekhouding en de voorraad gewasbeschermingsmiddelen en meststoffen. De kwalificatie MPS-Deelnemer wordt toegekend als een deelnemer 3 aaneengesloten periodes (= een kwartaal) heeft geregistreerd óf 13 periodes aaneengesloten heeft geregistreerd en tussen de 0 en 9,9 punten heeft behaald. In tegenstelling tot de kwalificaties MPS-A, -B en -C valt de kwalificatie MPS-Deelnemer niet onder de accreditatie van MPS-ECAS. De gekwalificeerde deelnemers mogen hun deelname door middel van het MPS-vignet kenbaar maken. MPS geeft vier keer per jaar de kwalificaties door aan de bloemenveiling. Deze worden op het klokfront vermeld.